Çölyaklı hastalarda otistik belirtiler, çeÅŸitli davranış bozuklukları (huzursuzluk, huysuzluk, hiperaktivite vb) da dahil olmak üzere birçok nöropsikiyatrik belirtinin görülme oranı toplum ortalamalarından daha yüksektir. Otistik çocukların bir kısmının bağırsak geçirgenliÄŸinin artmış olduÄŸu ve kazein, glüten gibi bazı besinlerin metabolizmasındaki yetersizlik, bu peptidlerin bağışıklık yanıtını tetikleyerek mide-barsak sisteminde inflamasyona (iltihap,yangı) neden olabilmesinin otizmin oluÅŸmasından sorumlu olabileceÄŸi öne sürülmüÅŸtür Otizmli çocukların gluten ve kazein içeren besinlerdeki peptid ve proteinleri diÄŸer insanlara göre daha farklı ÅŸekilde iÅŸledikleri düÅŸünülmektedir. Ayrıca otistik kiÅŸilerde proinflamatuvar sitokinlerin de artmış olduÄŸu bulunmuÅŸtur. Otizmli çocuklar için alternatif tedavilerden birisi de tıbbi beslenme tedavisidir. Bu nedenle çölyak hastalığı ile otizm arasındaki iliÅŸki ve glutensiz diyetin otizm hastalarındaki belirtilere etkisi araÅŸtırılmıştır. Otizmli çocuklarda tedavide kullanılan ve az sayıda da olsa bazı çalışmalarda etkili olduÄŸu gösterilen diyetler glutensiz, kazeinsiz, ketojenik, özel karbonhidrat, feingold, elimine alerji, kandida vücut ekoloji diyeti gibi özel diyetlerle beraber çeÅŸitli ekleme tedavileri de (yaÄŸ asidi, besin öÄŸesi, multivimatin, mineral, çinko takviyeleri vs.) kullanılmaktadır. Bu katı diyette gluten ve kazein içeren tüm besinler diyetten çıkarılır. Bir çalışmada otizmle Çölyak hastalığı iliÅŸkisi bulunamazken, ince bağırsakları normal olan ama antikorları pozitif olanlarda otizm riskinin arttığı saptanmıştır. Literatürde glutensiz diyet kullanan otistik hastaların bazılarında semptomlarda iyileÅŸme görülmekle birlikte birçoÄŸunda herhangibir deÄŸiÅŸiklik saptanmamıştır. Bazı ebeveynler kazein ve glutensiz diyetle beslenen çocuklarında bir süre sonra konuÅŸma ve davranışlarda iyileÅŸmeler olduÄŸunu iddia etmektedirler. Bu nedenle bazı otistik çocuklarda glutene bir allerji/duyarlılık olabilmesi nedeniyle diyetlerinde glutensiz gıdaların uygulanmasının otizm belirtilerine faydalı olabileceÄŸi ancak bu durumun otizm tanısı olan bütün kiÅŸilerde olmasının beklenmemesi gerektiÄŸi düÅŸünülmektedir.